北京同仁堂和南京同仁堂的区别主要体现在以下几个方面：
创立时间
北京同仁堂：成立于1669年（清康熙八年），由乐显扬创办。
南京同仁堂：其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业。
主营业务
北京同仁堂：以中成药为主要产品，是集现代制药业、零售商业、医疗服务板块于一体的现代中医药集团。
南京同仁堂：主营业务包括片剂、丸剂等。
历史发展
北京同仁堂：自1669年创办以来，经过多次改制和发展，现已成为北京市政府独资企业，旗下拥有多家上市公司。
南京同仁堂：从1926年开业至今，经历了公私合营、定名为南京同仁堂制药厂等阶段，现为南京市唯一一家以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型的中药企业。
商标和企业性质
北京同仁堂：商标为圆形中间有“同仁堂”三个字样，两边是对称的飞龙图形，企业性质为国有独资公司。
南京同仁堂：商标为“岳家老铺”四个字，没有“同仁堂”字眼，企业性质为民营企业。
产品
北京同仁堂：拥有十大名药，如安宫牛黄丸、同仁乌鸡白凤丸等。
南京同仁堂：也有一些名药与北京同仁堂重合，如牛黄清心丸、安宫牛黄丸等。
总结：
北京同仁堂和南京同仁堂虽然同出一源，但它们在创立时间、主营业务、历史发展、商标和企业性质及产品方面存在明显的区别。北京同仁堂历史悠久，以中成药和现代中医药集团为主，商标和企业性质为国有独资；而南京同仁堂则以片剂、丸剂等中药产品为主，商标为“岳家老铺”，企业性质为民营企业。用户在选择产品时，应注意区分不同品牌的同仁堂。
