员工自动离职的处理方式如下：
及时通知解除劳动合同 ：用人单位应当及时向自动离职的员工邮寄解除劳动合同通知书，并通知工会。办理离职工作交接手续：
与员工结清工资、经济补偿金等费用，并办理工作交接。
办理离职工资结算手续：
确保员工在离职时所有工资和应得款项均已结清。
办理离职证明：
用人单位需要为员工出具解除劳动关系的证明，以便员工办理后续事宜。
办理离职社保转移手续：
协助员工办理社会保险关系的转移手续。
处理赔偿责任
如果员工自动离职给用人单位造成了损失，用人单位可以依据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》向员工主张赔偿。
如果员工违反了劳动合同中的保密义务或竞业限制条款，并给用人单位造成损失，员工应当承担赔偿责任。
制定规章制度：
企业应结合《劳动合同法》第三十九条制定规章制度，将自动离职纳入严重违反规章制度的范畴，以便在处理员工自动离职时有据可依。
注意时效问题：
员工离职后一年内可以申请劳动仲裁，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。
记录保存：
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
其他注意事项
如果员工自动离职不涉及公司提供费用的岗前培训、保密岗位协议及津贴，则不能进行处罚，且已产生的工作日工资应正常支付。
如果涉及公司提供费用的培训、保密协议及津贴，可以扣除相应的培训费，并按照劳动合同中的相关条款提起劳动仲裁或民事诉讼要求赔偿。
通过以上步骤，用人单位可以合法合规地处理员工自动离职的相关事宜，确保双方权益得到妥善处理。
