车辆合格证在上牌后会被车管所收走，并留存档案。具体原因和流程如下：
车辆合格证的性质：
车辆合格证是证明车辆合格的凭证，是车辆上牌的必要条件之一。只有持有合格证的车辆才能符合国家对机动车装备质量及相关标准的要求。
上牌流程中的操作：
在上牌过程中，车主需要提交车辆合格证，车管所会将其收走并存档备案。同时，车管所还会收取其他相关文件，如购车发票、购置税完税凭证、交强险副本、购车人身份证明复印件等，一并存入车辆档案袋中。
合格证的保管与使用：
车辆合格证原件在上牌后不会返还给车主，而是由车管所进行保管。车管所会发给车主车辆行驶证和合格检验标，车主在审车时需要携带行驶证。
特殊情况：
有些情况下，车辆合格证可能会因为贷款等原因被银行质押，导致车主暂时无法拿到原件。但这种情况并不常见，且通常会有明确的解决方案。
综上所述，车辆合格证在上牌后会被车管所收走并留存档案，车主需要确保在提车时有合格证，并且了解可能存在的特殊情况及其解决方案。
