山本元柳斋重国被秒的原因主要有以下几点：
友哈巴赫的偷袭：
在友哈巴赫转身离开时，山本元柳斋重国的右臂仍握着斩魄刀压着他的斗篷，友哈巴赫将其右臂斩断，使山本失去了抵抗能力。
卍解被夺走：
山本元柳斋重国的第一卍解被友哈巴赫夺走，导致他在战斗中无法发挥出最强的力量。
心态和战术上的失误：
山本元柳斋重国在明知无形帝国可以夺取卍解的情况下，依然毫无保留地使用了卍解。在战斗中，他对友哈巴赫的战术判断失误，没有及时防备友哈巴赫的替身攻击，最终被友哈巴赫一刀斩杀。
体力问题：
虽然山本的灵压极强，但他的体力较差，只有60分。在战斗中，友哈巴赫利用替身消耗了山本的力量，使其变弱，从而战胜了山本。
综上所述，山本元柳斋重国被秒的原因主要是友哈巴赫的偷袭、卍解被夺走、心态和战术上的失误以及体力问题。
