吐鲁番盆地的形成原因主要可以归结为以下几点：
地壳运动
吐鲁番盆地是一个典型的地堑盆地，其形成与地壳断裂陷落密切相关。在地质年代中，吐鲁番盆地经历了侏罗纪、白垩纪、第三纪和第四纪，逐渐凹陷。特别是在距今3000万年前的喜马拉雅造山运动期间，盆地北缘的博格达山急剧上升，而盆地南北缘的库鲁克塔格山上升幅度较小，导致两山之间断裂陷落，最终形成了北高南低、西宽东窄的不对称盆地。
外力沉积作用较弱
吐鲁番盆地气候极度干旱，年降水量极少，一般在100毫米以下。地表河流少且水量小，搬运和沉积能力极差，因此盆地中堆积物极其微小。这种干旱的气候条件是盆地中堆积物少的重要原因之一。
山地阻挡风化物
在第四次新构造运动中，盆地中部形成了火焰山。这座低山的阻隔作用使得从天山被流水携带下来的风化物质只能在山北积累，而山南则受到保护，避免了在盆地地表长期堆积。这种地形阻挡了风化物的扩散，有助于保持盆地内地势低洼。
构造运动与气候条件的共同作用
吐鲁番盆地的形成不仅与地壳运动有关，还受到气候条件的深刻影响。盆地位于内陆深处，远离海洋，周围为大面积的干旱区，降水稀少，蒸发量大，导致盆地内地形越来越低洼。火焰山的存在进一步加剧了这一过程，其阻拦效应使得天山流水侵蚀与风化物质难以进入盆地中心，从而使得盆地长期保持在海平面以下。
综上所述，吐鲁番盆地的形成是多种地质和气候因素共同作用的结果。地壳运动导致盆地凹陷，干旱气候使得堆积物极少，而火焰山的阻隔作用则有助于保持盆地内地势的低洼状态。
