名侦探柯南的主线剧情主要围绕高中生侦探工藤新一被神秘组织黑衣组织用毒药APTX4869缩小成小学生的身体，并化名为江户川柯南，寄住在女友毛利兰家中，一边协助毛利小五郎解决案件，一边寻找黑衣组织的下落，以期恢复原状并对抗犯罪的故事。
变小开始
第1集：云霄飞车杀人事件，新一被黑衣组织成员琴酒和伏特加灌下APTX4869，身体缩小成小学生。
化名生活
小五郎在柯南的帮助下解决案件，觉得柯南能带来好运，于是柯南寄住在兰家，以江户川柯南的身份继续侦探生活。
恢复真身
在追查黑衣组织的过程中，新一有机会恢复成新一的模样，但必须继续使用柯南的身份迷惑他人。
结识伙伴
柯南与阿笠博士、吉田步美、圆谷光彦、元太组成少年侦探团。
与关西的高中生侦探服部平次成为好友。
后药物设计者与他同样变小的灰原哀也加入。
揭露黑衣组织
柯南在多个事件中收集黑衣组织的线索，并与FBI合作，逐步揭露黑衣组织的秘密。
重要事件
绯色篇开始，柯南的主线剧情步入深水区，红黑双方实力对比发生变化。
重要历史遗留事件，如人鱼岛问题，为剧情发展埋下伏笔。
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