深圳市个人所得税的计算方法如下：
应纳税所得额的计算
工资薪金所得：应纳税所得额 = 工资收入 - 专项附加扣除 - 社保缴费 - 起征点（5000元）。
个体工商户：应纳税所得额 = 年总收入 - 成本 - 费用 - 损失。
承包经营所得：应纳税所得额 = 总收入 + 工资性质收益。
劳务报酬等：应纳税所得额 = 未扣除费用之前的收入。
财产租赁：应纳税所得额 = 未扣除费用和维修费之前的收入。
资产转售：应纳税所得额 = 扣除成本和税费之后的收入。
利息等：应纳税所得额 = 全额收入。
应纳税额的计算
应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
税率和速算扣除数
个人所得税税率表：
3%：不超过3.6万元
10%：超过3.6万元至14.4万元
20%：超过14.4万元至30万元
25%：超过30万元至42万元
30%：超过42万元至66万元
35%：超过66万元至96万元
45%：超过96万元。
速算扣除数：根据不同的应纳税所得额对应不同的速算扣除数。
专项扣除和专项附加扣除
专项扣除：包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费等社会保险费。
专项附加扣除：包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等支出。
其他扣除
依法确定的其他扣除：包括捐赠等。
示例计算
假设某员工的年度收入为100万元，社保缴费为3万元，专项附加扣除为1万元，没有其他扣除。
应纳税所得额
应纳税所得额 = 100万元 - 3万元 - 1万元 = 96万元
应纳税额
根据税率表，96万元属于“超过66万元至96万元”的区间，税率为35%，速算扣除数为85920元。
应纳税额 = 96万元 × 35% - 85920元 = 336000元 - 85920元 = 250080元
因此，该员工年度应缴纳的个人所得税为250080元。
建议在实际计算中，详细列出所有可扣除项目，以确保计算的准确性和合法性。
