自贸区和保税区的主要区别体现在以下几个方面：
监管力度
保税区：在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，保税区货物进出境内、境外或区内流动有不同的税收限制。
自贸区：是在海关辖区以外的、无贸易限制的关税豁免地区，货物存储期限不受限制，主要考虑货畅其流为基本条件，采取门岗管理方式，运作手续更为简化，交易成本更低。
储存时间限制
保税区：货物存储有时间限定，一般为2至5年。
自贸区：货物存储期限不受限制。
货物管理方式
保税区：对货物采用账册管理方式，因为货物是“暂不征税”。
自贸区：主要考虑货畅其流，采取门岗管理方式，运作手续简化，交易成本较低。
功能作用
保税区：功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限。
自贸区：一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济的发展。
法律地位
保税区：是经国务院批准设立的，受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。
自贸区：是指签订自由贸易协定的成员国之间相互取消商品贸易中的关税和数量限制，使商品在各成员国之间可以自由流动的区域。
经济影响范围
保税区：由于其历史的局限性，功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限。
自贸区：通过取消关税和非关税壁垒，促进商品、服务和资本、技术、人员等生产要素的自由流动，实现优势互补，促进共同发展，具有更广泛的经济影响范围。
总结：
自贸区和保税区在监管力度、储存时间限制、货物管理方式、功能作用、法律地位和经济影响范围等方面存在显著差异。自贸区更注重贸易自由化和便利化，对周边地区具有强大的辐射作用；而保税区主要起中转存放作用，功能相对单一。
