名侦探柯南中黑暗组织出场的集数如下：
1. 第1集《云霄飞车杀人事件》
2. 第54集《电玩公司杀人事件》
3. 第128集《黑暗组织10亿元抢劫事件》
4. 第129集《来自黑暗组织的女子》
5. 第176至178集《与黑衣组织的再会》
6. 第230集《迷一样的乘客（前篇）》
7. 第231集《迷一样的乘客（后篇）》
8. 第274集《幽灵屋的真相》
9. 第286至288集《工藤新一纽约事件》
10. 第289至290集《光彦森林迷失记》
11. 第307至308集《遗留的无声证言》
12. 第309至311集《与黑衣组织的接触》
13. 第338集《四辆保时捷（前篇）》
14. 第339集《四辆保时捷（后篇）》
15. 第340集《厕所里隐藏的秘密（前篇）》
16. 第341集《厕所里隐藏的秘密（后篇）》
17. 第345集《与黑衣组织的直面对决满月之夜的双重谜案》
18. 第425集《黑暗冲击!》
建议观看时，可以重点关注这些具体的集数，以充分了解黑暗组织在剧情中的发展和作用。
