当发明专利申请在公布后被驳回时，专利申请人可以采取以下步骤处理：
请求复审
专利申请人可以在收到驳回通知书之日起三个月内向国务院专利行政部门请求复审。
在提交复审请求时，应一并缴纳复审官费，并在请求中明确指出对驳回决定中审查员意见的异议及理由。
修改申请文件
在提交复审请求的同时，可以对申请文件进行修改，以克服存在的问题。
起诉
如果专利复审委员会维持驳回决定，专利申请人可以自收到复审决定通知之日起三个月内向人民法院起诉。
了解驳回理由
仔细阅读驳回决定通知书，了解审查员提出驳回的具体理由，有助于针对性地准备复审材料和提出申诉。
注意时间限制
请求复审和起诉均需在法定期限内进行，即自收到通知之日起三个月内。
总结
在发明专利申请公布后被驳回的情况下，专利申请人应首先向国务院专利行政部门请求复审，并在复审请求中明确指出对驳回决定中审查员意见的异议及理由。如果复审结果仍不满意，可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。在整个过程中，认真理解驳回理由并进行针对性的修改是非常重要的。
