电影《孔子》主要讲述了公元前六世纪，周王朝日渐衰落，诸侯国割据一方，相互征战的时代背景下，孔子为了理想和社会的混乱状况深感忧虑，并试图以他的思想和智慧来影响春秋诸国的历史进程的故事。
孔子出身于鲁国的没落贵族家庭，他从一个普通的平民逐渐成长为一位伟大的思想家和教育家。在鲁国，他曾任大司寇，推行以礼治国的理念，但因政治斗争激烈而被迫离开。之后，孔子带领弟子们周游列国，传播其思想，期间遭遇了多次困境和误解。尽管如此，孔子仍坚持不懈地教育和培养弟子，最终于晚年返回鲁国，继续他的教育事业和文献整理工作。
在列国之间，孔子及其弟子们经历了无数的艰难困苦，包括被乱军围困、政治阴谋的漩涡，甚至被世人误解。孔子在失意中逝世，但他的思想和教育对后世产生了深远的影响，被尊称为“万世师表”。
电影通过孔子的生平事迹，展现了他的大志与大智，以及三千弟子的伟大作为，深刻反映了春秋时期的政治、军事、文化和社会状况，同时也探讨了孔子的思想对后世的重要影响。
