甘南州内有几所高等教育机构，其中包括：
甘南藏族自治州卫生学校
地址：南藏族自治州合作市人民东街52号
简介：是一所建校42年的国家级重点中等专业学校。2001年，藏医系升格为本科并扩大为藏医学院。设有藏医学、藏药学两个普通本科专业，其中藏医学专业被评为甘肃省省级一流本科专业建设点。
合作民族师范高等专科学校
简介：是1985年经原国家教委批准成立的省属唯一的一所民族师范高等院校。学校发扬“艰苦不怕吃苦、缺氧不缺精神”的优良传统，各项事业呈现出良好的发展势头。
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