对于超过诉讼时效的案件，法院的处理方式如下：
法院受理
即使案件超过诉讼时效，法院仍然会受理该案件。
受理后，法院会进行实体审理，而不是直接裁定驳回起诉。
诉讼时效抗辩
如果被告在诉讼过程中提出诉讼时效抗辩，法院会依法驳回原告的诉讼请求。
如果被告未提出诉讼时效抗辩，法院不会主动适用诉讼时效规定，而是依据所查明的事实作出判决。
特殊情况的处理
对于某些特殊案件，如请求停止侵害、排除妨碍、消除危险，以及不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产等，不受诉讼时效限制。
此外，如果权利受到损害之日起超过二十年，法院不予保护，但特殊情况下，法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效。
法律后果
诉讼时效届满后，义务人可以拒绝履行义务，但权利人请求权的行使仅发生障碍，权利本身及请求权并不消灭。
诉讼时效届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
建议
积极采取补救措施：一旦意识到债权将要超过诉讼时效，债权人应积极采取补救措施，如签订债务安排协议、贷款重组等，以中断诉讼时效并重新计算。
审查诉讼时效问题：即使被告未提出诉讼时效抗辩，法院在审理过程中也会主动审查诉讼时效问题，发现没有中止、中断或延长事由的，会以判决形式驳回诉讼请求。
了解特殊规定：了解不适用诉讼时效的情形，如请求支付抚养费、赡养费或扶养费等，以便在诉讼中更好地维护自己的权益。
