《新世纪福音战士》的结局存在多个版本，以下是几种可能的结局描述：
TV版结局
在TV版中，结局较为突兀，以真嗣内心世界的补完为结束。最后，一群人给主角鼓掌，恭喜他战胜内心的自己。这个结局较为超现实主义，许多观众难以理解。
剧场版EOE结局
剧场版《真心为你》（End of Evangelion）中，补完计划发动，除了明日香和碇真嗣外，所有人全部化为LCL（液体水晶）之海。最后，真嗣躺在沙滩上，旁边是满身绷带、穿着插入栓服的明日香。真嗣起身，掐住明日香的脖子，但明日香没有反抗，反而抚摸真嗣的脸。真嗣哭泣并松开手，两人在这种状态下和解。
新剧场版结局
新剧场版（Neon Genesis Evangelion: The End of Evangelion）中，真嗣拒绝了与别人的补完，选择保持独立个体，即使这意味着心灵上有缺陷、孤独和痛苦。明日香在2号机里感受到母亲的灵魂，理解了a.t.field的意义，也保住了自己灵魂的独立。两人离开EVA回到现实世界，而其他人都已经失去肉体，灵魂结合在一起。这个结局与真嗣原本的想法不符，他原本希望回到原来的生活环境，有朋友、同学和一个不怎么爱但他的父亲。
另一种新剧场版结局
在另一种新剧场版结局中，真嗣在最终的战斗中意识到，如果人类要茁壮成长，他自己就必须死。他要求薰杀了他，而薰也意识到同样的道理，并要求真嗣杀了他。最终，真嗣杀死了薰，引发了人类的强制进化，被称为“人类补完计划”，所有人类的灵魂都将被合并成一个。在最后一集中，真嗣的灵魂在精神上扭转了他自身存在的理由，达到顿悟，摧毁了由消极态度和情感组成的墙，并在结尾笑着感谢大家，其他人也都为他鼓掌。
这些结局各有不同的解释和象征意义，反映了不同的主题和情感。建议观看时仔细体会，以获得更全面的理解。
