孙九芳被摘字的原因主要有以下两点：
涉嫌逃税问题
2018年，孙九芳因涉嫌逃税被税务机关立案调查。
调查结果显示，孙九芳在2015年至2017年期间存在逃税行为，未缴纳个人所得税共计1600万元人民币。
因此，孙九芳被处以罚款及追缴逃税款项的处罚，并受到舆论谴责和社会公愤。
打人事件
孙九芳在德云社后台管理打架斗殴，导致不良后果，影响恶劣。
具体情况是，在修订家谱时，孙九芳因挑事打架被记过，本应被逐出德云社，但因年龄较小，郭德纲给予摘字查看的处分，并记载进家谱以儆效尤。
另有传闻称，孙九芳是因为对一位德高望重的前辈不敬而被摘字。
综合以上信息，孙九芳被摘字的主要原因是涉嫌逃税和打人事件。逃税问题导致他被处以重罚，而打人事件则是因为在德云社内部造成恶劣影响，最终被给予摘字查看的处分。
