关于分公司的税务问题，以下是一些关键点：
独立核算与非独立核算
分支机构无论是否独立核算，在税收管理层面上完全一致，没有任何区别。这是企业内部管理的要求，不是税务机关的要求。
增值税申报缴纳
一般情况下，分公司的增值税是由分支机构申报缴纳的。如果总机构和分支机构不在同一县（市），应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
个人所得税申报缴纳
分公司的职工工资薪金个人所得税的申报缴纳取决于工资发放方。如果工资由分支机构支付，则个税由分支机构申报缴纳；如果工资由总公司直接支付，则应由总公司代扣代缴个人所得税。
企业所得税
分公司通常不能独立计算缴纳企业所得税。成立分公司的优越性在于可以汇总计算缴纳企业所得税，抵消总分公司之间的盈亏。如果分公司想独立计算，可以成立子公司，但分公司本身不具备这样的申请资格，税务机关也不会批准。
税务登记与发票管理
分支机构需要依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。如果分公司具备独立会计核算和对外独立开展业务的能力，可以选择“独立核算”，并独立开具发票。否则，可以选择“非独立核算”，所有单据和账目需提交给总公司进行统一核算。
预缴税款与汇算清缴
汇总纳税企业总机构按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额等因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50%在各分支机构之间进行分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库。汇算清缴时，各分支机构需要分别就地办理。
其他税务注意事项
分公司作为分支机构，不能独立享受小型微利企业所得税的优惠政策，其企业所得税需要与总公司汇总按分摊比例申报缴纳。
在实际操作中，建议明确合同关系，确保合同、发票、资金三流一致，以符合税务规定。
综上所述，分公司的税务处理需要根据其是否独立核算、业务性质以及总公司的税务策略来具体操作。在实际操作中，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规性和税务优化的最大化。
