孙姓的由来主要有以下几种说法：
源于子姓
商朝末，纣王叔父比干因直谏而被杀，其子孙避难改姓，其中一支以本为王族子孙之故，遂姓孙氏。
源于姬姓
周公姬旦封康叔于卫，建立卫国。春秋时，卫武公之子惠孙的孙子乙，字武仲，以祖父惠孙的字为姓氏，成为姬姓孙氏的得姓始祖。
源于妫姓和姚姓
周武王封舜帝的直系后裔妫满于陈国，陈厉公妫跃之子陈完逃奔齐国，改陈氏为田氏。齐景公时，田完四世孙田书因伐莒有功，被齐景公封于乐安并赐姓孙氏。
源于芈姓
春秋初，楚王蚣冒之孙蒍贾，蒍贾之子蒍艾腊，也称孙叔敖，孙叔为其字，出任楚庄王的令尹，其子孙以其字为氏。
源于荀姓
汉朝时，因汉皇室成员刘询当了皇帝，即汉宣帝，为了要避“询”音之讳，他下令荀姓子孙不得再姓荀，一律改为孙氏，并将战国时代的荀卿都改为孙卿。
源于其他赐姓、改姓
三国时期东吴将领俞河因功被赐姓孙。
明朝中叶士人孙一元，因安化王犯法被诛，惧怕株连而改姓孙。
清朝时期，满洲八旗姓孙佳氏全族改孙氏。
源自少数民族改姓
在今满族、景颇族、苗族、阿昌族、哈尼族、土家族、黎族、傣族、佤族等少数民族中，均有孙氏族人分布，其来源大多是在唐、宋、元、明、清时期中央政府推行的羁糜政策及改土归流运动中，流改为汉姓孙氏。
综上所述，孙姓的由来主要源于子姓、姬姓、妫姓和姚姓、芈姓，以及少数民族改姓等。其中，姬姓和妫姓孙氏的起源最为悠久，可追溯到春秋时期。
