货物运输合同印花税的计税依据主要是 运费收入，具体规定如下：
运费收入不含税 ：以运费收入不含税金额作为计税依据，税率是0.5‰。铁路货运运费结算凭证：
铁路货运运费结算凭证，包括货票、运费杂费收据、合资和地方铁路货运运费结算凭证，均作为印花税应税凭证。
分段计费
对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据。
对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。
不包括增值税税款：
应税合同的计税依据为合同所列金额，不包括列明的增值税税款。
其他费用：
运输合同的计提基数是运输费用，理应包括进项税额的全额费用，但印花税计税依据中不包括装卸费、保险费等。
综上所述，货物运输合同印花税的计税依据明确为运费收入，不包括增值税税款及装卸费、保险费等额外费用。在实际操作中，以运费结算凭证上记载的金额为准进行计算。
