全民所有制与国有独资企业的主要区别体现在以下几个方面：
法律依据不同
全民所有制企业遵循《全民所有制企业法》。
国有独资企业遵循《公司法》。
管理体系不同
全民所有制企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长（经理）负责制，注重行政隶属关系。
国有独资公司是以资产为纽带的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系，实行董事会领导下的总经理负责制，由政府确定的国有资产管理部门直接管理。
治理结构不同
全民所有制企业的治理结构中的“老三会”是指党委会、工会、职代会。
国有独资公司的治理结构中的“新三会”是指股东会、董事会、监事会，其中董事会是决策机构，经理层是执行机构，实现了所有权、决策权和经营权的分离。
管理者角色不同
全民所有制企业的厂长（经理）是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位。
国有独资公司的经理是由董事会聘任，对董事会负责，董事会与经理层相分离。
所有权和控制权
全民所有制企业强调的是企业财产属于全民所有，国家代表全体公民行使所有权，但决策权和控制权在国家和集体单位之间共同承担。
国有独资公司的所有权完全归属于国家，由国家单独出资，由国务院或者地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责，决策权和控制权完全由国家行使。
经营方式
全民所有制下，生产资料的经营由国家、集体和个人共同参与和管理，可以有不同的经营主体。
国有独资公司的经营完全由国家掌握，只有国家作为唯一的所有者参与经营。
法律适用
全民所有制企业适用《全民所有制工业企业法》，虽然这个法律比较老旧，但在2009年08月27日经过一次修订后，目前仍然有效。
国有独资公司适用《公司法》。
改制与重组
全民所有制企业将逐渐改组为有限责任公司或者股份有限公司，即“改制”，改制中资产评估增值不计入应纳税所得额，资产的计税基础按其原有计税基础确定，资产增值部分的折旧或者摊销不得在税前扣除。
国有独资公司作为公司制企业，其设立、运营和重组均遵循《公司法》的相关规定。
总结：
全民所有制与国有独资企业在法律依据、管理体系、治理结构、管理者角色、所有权和控制权、经营方式、法律适用以及改制与重组等方面存在明显的区别。全民所有制企业更强调行政隶属关系和政府的直接管理，而国有独资企业则更加注重以资产为纽带的产权关系和董事会领导下的现代企业治理结构。
