《仙剑奇侠传三》的剧情主要围绕飞蓬、重楼、景天、唐雪见、徐长卿、紫萱和龙葵等角色展开。故事发生在《仙剑奇侠传》第一代的五十年前，主要讲述了神将军飞蓬与魔尊重楼之间的恩怨，以及飞蓬被贬下凡后的一系列冒险经历。
飞蓬与重楼的恩怨
飞蓬和重楼因两界的冲突而屡屡交手，两人实力相当，难以分出胜负，逐渐产生了惺惺相惜之情。
重楼提议在新仙界中进行决斗，飞蓬最终答允。两人在新仙界中展开了一场激烈的比试，飞蓬因感知到天庭追兵将至而分心，最终被重楼打落人间，佩剑也随之下落。
飞蓬的转世与景天
飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世，最终成为渝州唐门永安当铺的伙计景天。
景天渴望成为蜀山大侠，结识了唐家堡的大小姐唐雪见、蜀山派弃徒徐长卿及其恋人紫萱，以及魔剑宿灵龙葵。
在协助蜀山找寻失散各地的五颗灵珠的过程中，景天与邪剑仙不断斗争，展开了一系列冒险。
重楼的出现与魔剑
重楼从魔界窥探人间，发现飞蓬的转世如此卑微平凡，于是滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，拿走了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。
重楼将魔剑交给景天，从此景天的生活发生了巨大改变。景天在魔剑的帮助下，逐渐成长为一名英勇的侠士。
主要角色的关系与成长
景天与唐雪见在一系列事件中逐渐产生感情，最终成为恋人。
徐长卿与紫萱有着一段跨越三世的感情纠葛，最终紫萱为了救徐长卿而牺牲。
龙葵作为魔剑的宿灵，在景天的帮助下得以重生，并最终与景天在一起。
锁妖塔与蜀山
锁妖塔的顶端坍塌导致封印解除，释放出众多妖魔，蜀山派因此陷入混乱。
景天在寻找灵珠的过程中，协助蜀山派重新封印锁妖塔，最终蜀山派恢复了平静。
通过这些情节，《仙剑奇侠传三》讲述了一个充满奇幻与冒险的故事，展现了角色之间的情感纠葛和成长历程。
