三墩镇目前有以下教育机构：
杭州市三墩中学：
提供初中教育，位于杭州市城北文化古镇三墩，邻近浙江大学紫金港校区。
杭州师范学院附属中学：
提供高中教育，拥有58个教学班和2200余名学生。
浙江绿城职业培训学校：
提供职业培训课程，如高级管家、康复保健、营养保健、涉外护理等专业，位于杭州市三墩丰庆路绿城育华亲亲学校内。
南汇县三墩乡成人中等文化技术学校：
提供成人初中等教育，位于上海市南汇县三墩镇。
请注意，目前三墩镇没有专门的职业技术学校。浙江大学紫金港校区有时也被称为“三墩镇职业技术学院”，但请注意它是一所普通高等学校，并非专门的职高。
