南京的顶级职高学校通常拥有多个特色专业，这些专业往往与当地的经济发展和市场需求紧密相关。以下是一些南京顶级职高学校的专业设置情况：
南京铁道职业技术学院
铁道交通运营管理专业
铁道信号自动控制专业
铁道机车专业
南京信息职业技术学院
信息产品制造专业
信息网络专业
信息技术服务专业
南京科技职业学院
国家示范性（骨干）高职院校专业
江苏省中国特色高水平高职学校建设专业
南京交通职业技术学院
交通土建专业
汽车服务专业
物流管理专业
轨道交通专业
智能交通专业
建筑工程专业
江苏卫生健康职业学院
医药卫生类专业
财经商贸类专业
文化艺术类专业
南京机电职业技术学院
机械工程类专业
电子信息类专业
计算机艺术设计专业
通信专业
物联网专业
会计专业
特色专业
航空服务专业
护理专业
无人机操控与维护专业
电子商务专业
计算机应用专业
社会文化艺术专业
休闲体育服务与管理专业
智慧健康养老服务等专业
这些专业中，有些是中央财政支持的重点建设专业，有些是省级品牌或特色专业，显示了南京职高在特定领域的教育资源和教学质量。
