自由贸易区和保税区的主要区别体现在以下几个方面：
监管力度
保税区：在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，进出境内、境外或区内流动有不同的税收限制。
自由贸易区：位于海关辖区以外，无贸易限制的关税豁免地区。
储存时间限制
保税区：货物存储有时间限定，一般为2至5年。
自由贸易区：货物存储期限不受限制。
货物管理方式
保税区：采用账册管理方式，货物“暂不征税”。
自由贸易区：主要考虑货畅其流，采取门岗管理方式，运作手续简化，交易成本更低。
功能作用
保税区：功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限。
自由贸易区：通常是物流集散中心，大进大出，加工贸易发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济发展。
法律依据和特色
保税区：根据《中华人民共和国海南自由贸易港法》，是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督管理的区域，可以较长时间存储商品。
自由贸易区：通过签订自由贸易协定，成员国之间相互取消商品贸易中的关税和数量限制，实现商品自由流动。
贸易开放程度
保税区：通常只涉及商品贸易，对境外入区货物的关税实施免税或保税，而不是降低关税。
自由贸易区：实行与国际接轨的多元化贸易模式，投资管理和外汇政策也更为开放。
总结来说，自由贸易区通常涉及更广泛的贸易自由化和投资开放，而保税区则更侧重于商品的中转和存储，功能相对单一。
