二级建造师注销注册证书的步骤如下：
个人或企业提交注销申请
由建造师本人或聘用企业通过系统提出注销申请。若为本人提出申请，应提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。
填写注销申请表
在系统中找到注销注册的相关选项，如实填写注销申请信息，包括注销原因等。此步骤完成后，需等待企业版操作，即原工作单位在系统中进行核实并上报。
上传相关证明材料
上传“电子证书”和“注销注册申请表”。其中，“注销注册申请表”需要本人签字承诺和加盖注册单位公章。
企业确认与上报
企业需要对提交的注销申请进行确认，并在系统中提交相关材料。如果是企业提出注销注册的，企业应提交相关情况说明、解除劳动关系协议书等材料。
注册管理部门审核
注册管理部门会对提交的材料进行审核，如材料齐全、符合要求，将予以注销。审核通过后，会在系统中注销其注册信息，并公告注销注册人员名单。
领取注销证明
审核通过后，建造师需要领取注销注册证书的相关文件，完成注销手续。
需要注意的是，不同地区可能会根据本地实际情况在具体材料要求等方面存在一定差异，因此在办理过程中，要密切关注当地建设行政主管部门的相关规定要求。
