李贽的主张主要包括以下几个方面：
个性解放和思想自由
李贽终生为争取个性解放和思想自由而斗争，蔑视传统权威，敢于批判权威。他认为每个人应该有自己的政治见解和思想，不应盲目地随人俯仰。他提出“士贵为己，务自适”，并认为要获得个性解放和思想自由，就必须打破孔孟之道及其变种宋明理学的垄断地位。
反对封建礼教
李贽对封建统治者奉为金科玉律的儒家经典进行抨击，认为儒家经典的六经并不都是圣人之言，而是经过后人吹捧拔高形成的。他反对歧视妇女，主张婚姻自由，并热情歌颂卓文君和司马相如恋爱的故事。
提倡人类平等
李贽认为，按照万物一体的原理，社会上根本不存在高下贵贱的区别。老百姓并不卑下，自有其值得尊贵的地方；侯王贵族并不高贵，也有其卑贱的地方。他提出“致一之理，庶人非下侯王非高，在庶人可言贵，在侯王可言贱”。
反对理学空谈，提倡功利主义
李贽揭露道学家的丑恶面目，指出他们都是伪君子，仁义道德不过是掩盖他们卑鄙龌龊的假面具。他不同意道学家宣传的“正其义不谋其利，明其道不计其功”的说法，认为人类的任何举动都有其谋利和计功的目的。他主张富国强兵，强调武事重要，提倡耕战。
“至道无为”的政治理想
针对明王朝的腐败政治，李贽提出了“至道无为、至治无声、至教无言”的政治理想。他认为人类社会之所以常常发生动乱，是统治者对社会生活干涉的结果。他理想的“至人之治”则是“因乎人者也”，顺乎自然，顺乎世俗民情，即“因其政不易其俗，顺其性不拂其能”。
哲学思想
李贽的哲学思想经历了从唯物主义到主观唯心主义转化的过程。他认为“真心”和“童心”是最根本的概念，是万物的本源。他提出“穿衣吃饭，即是人伦物理”，并主张“生知”说，反对以孔子为标准的传统思想。
文学主张
在文学方面，李贽提出“童心说”，主张创作要“绝假还真”，抒发己见。他鲜明宣称自己的著作是“离经叛道之作”，并表示毫不畏缩。
李贽的思想对后人反传统权威、反君主专制、反封建礼教思想的形成具有重要的启蒙作用，他的主张在当时具有极大的挑战性和前瞻性。
