运输发票的税率6%和9%主要存在以下区别：
税率不同
6%的税率适用于普通服务业的运输，例如普通货物的物流配送、快递等，这些服务属于一般的物流辅助服务，不属于特种货物。
9%的税率适用于交通运输服务，包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、无运输工具承运业务以及邮政服务如邮政普通服务、邮政特殊服务和其他邮政服务。
计算方式不同
6%税率的计算方式是发票金额乘以6%。
9%税率的计算方式是发票金额乘以9%。
使用对象不同
6%税率一般适用于一般纳税人提供的服务业运输。
9%税率适用于一般纳税人和小规模纳税人提供的交通运输服务及邮政服务。
适用范围不同
6%税率适用于普通货物和服务的运输，而9%税率适用于特定类型的运输服务和邮政服务。
政策时效性
6%的税率在2019年4月1日至2020年12月31日期间有效，而自2021年1月1日起，小规模纳税人的税率调整为5%。
发票类型
6%的税率通常用于增值税普通发票，而9%的税率通常用于增值税专用发票。
综上所述，运输发票的税率6%和9%在税率、计算方式、使用对象、适用范围、政策时效性以及发票类型等方面均存在明显的区别。企业在开具运输发票时，应根据货物种类、服务性质及纳税人身份选择正确的税率，并严格遵守相关税收法规，以避免涉税风险。
