贯彻新发展理念在实践中存在的问题主要包括以下几个方面：
决策层效率较低，政策落实滞后：
政策从制定到市场应用的周期长，导致很多企业家反映企业发展和服务创新过程中，由于政策和服务支持不够，延缓了企业投资和发展。
科技支撑能力不足：
科技创新能力不足，无法跟上国家科技发展的步伐，中小企业在集约化现代科技管理上存在短板，限制了企业的发展。
市场化运行机制缺乏有效性：
市场机制无法有效保障当地民众的利益，政府管理不力，市场失灵，导致民众无法获得利益转移，影响当地经济社会发展速度和民生改善速度。
社会保障制度滞后：
社会保障待遇水平低，教育资源分配不均，人才流动性差，社会创新能力低下，抑制了经济发展和社会进步。
理论学习不到位：
对“什么是发展、怎样发展、为什么发展”等重大问题的理论思考和理论概括不足，导致在思想和行动上无法有效落实新发展理念。
缺乏系统性和完整性：
在理论学习上缺乏系统性和完整性，学习方法不科学，存在“临时抱佛脚”的现象，未能将所学理论有效指导实际工作创新。
贯彻落实决策部署不到位：
对于上级会议精神和重要安排，仅仅是简单传达，没有进行深入研究和有效督办，导致一些政策落实不力，效果不佳。
发展观念转变不彻底：
一些地方政府、部门、智库、学者对投入乡村建设存在低效率、周期长的观念，影响落实农业农村优先发展总方针的信心。
面对挑战和风险时，缺乏足够的战略定力：
在市场竞争和各种风险挑战面前，没有牢固树立和践行绿水青山就是金山银山的理念，未能从根本上解决发展不平衡不充分的问题。
综上所述，贯彻新发展理念需要从提高决策效率、加强科技支撑、完善市场机制、优化社会保障制度、加强理论学习、提高理论联系实际能力、确保政策贯彻落实、转变发展观念、增强战略定力等多方面入手，以确保经济社会的持续健康发展。
