总分机构企业所得税管理办法主要涉及以下几个方面：
统一计算
总分机构企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额和应纳税额。若总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别按适用税率计算应纳所得税额。
分级管理
居民企业总机构和分支机构分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。
就地预缴
居民企业总机构和分支机构应按本办法规定的比例分别就地按月或者按季向所在地主管税务机关申报、预缴企业所得税。
汇总清算
在年度终了后，总分机构企业根据统一计算的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
财政调库
财政部定期将缴入中央总金库的跨省市总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。
分摊比例
总分机构之间应按照资产总额、经营收入和职工工资的比重进行分摊。例如，若总机构甲公司分摊的应纳税所得额为50000，乙公司按照权重计算需要分摊的比例为0.31，则乙公司应分摊的应纳税所得额为50000×0.31=15500。
跨地区管理
对于跨省市总分机构企业，国家税务总局制定了专门的分配及预算管理办法，明确了总分机构企业缴纳的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法。
这些管理办法旨在确保《中华人民共和国企业所得税法》的顺利实施，妥善处理地区间利益分配关系，并做好跨省市总分机构企业所得税收入的征缴和分配管理工作。建议总分机构企业严格按照这些规定执行，确保税务合规。
