当企业丢失增值税专用发票时，应按以下步骤处理：
及时报告
遗失人应当立即书面报告税务机关，并登报声明作废。
获取记账联复印件
若同时丢失发票联和抵扣联，企业需联系供应商，取得加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件。
若仅丢失抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；若仅丢失发票联，则可凭相应发票的抵扣联复印件作为记账凭证。
已认证与未认证的发票处理
若丢失的发票在丢失前已认证相符，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
若丢失的发票在丢失前未认证，购买方需携带销售方提供的记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符后，凭该复印件及《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为抵扣凭证。
接受处罚
销售方丢失增值税专用发票，若是销售方的责任，则需接受税务机关的处罚，包括按规定程序向销售方当地主管税务机关和公安机关报失，并支付“挂失登报费”。
补救措施
丢失空白未开具的增值税专用发票，需在《中国税务报》上刊登“遗失声明”，并按照税务机关规定接受处罚。
丢失已开具的发票联，可将抵扣联作为记账凭证，复印件留存备查。
联系开票方
若无法找到原发票，需要向开票方申请补开发票，并提供补开发票所需的相关资料，如补开发票的原因、金额、原发票号码、购买方信息等。
注意时间限制
根据税务部门的规定，增值税专用发票的补开时间一般为开票之日起12个月内，超过时间则无法补开发票。
通过以上步骤，企业可以妥善处理增值税专用发票的丢失问题，并确保税务处理的合规性。
