为保护珊瑚礁，以下是一些合理建议：
加强珊瑚礁调查成果的综合应用
将调查成果纳入国土空间基础信息平台，形成“数据驱动，精准治理”的监管决策机制，为自然资源管理工作提供数据支撑。
深化调查数据的挖掘与分析，推动开展多学科交叉研究，构建珊瑚礁等典型海洋生态系统三维立体分布图，服务海底多样化功能的开发需要。
将各省区珊瑚礁调查成果通报地方政府，为地方政府履行珊瑚礁保护职能提供参考依据。
宣传发布我国珊瑚礁基本状况，提升公众海洋生态保护意识。
加强珊瑚礁生态预警监测业务体系建设
针对珊瑚礁等重要海洋生态系统，加强监测能力建设，聚焦人类活动干扰、珊瑚礁礁区生物多样和理化因子，构建形成卫星、航空、水面、水下定点等多源技术手段融合、陆海空天一体，覆盖近岸和离岸岛礁的全国珊瑚礁生态立体预警监测体系。
着眼气候变化与人类活动，建立珊瑚礁等典型生态系统健康状况定期调查制度，以本次珊瑚礁调查为基线每5-10年一覆盖，以掌握我国珊瑚礁生态系统质量及变化趋势。
在代表性区域设立长期定点连续监测站，对礁区生物多样性和钙化率、水温、pH等各类物理化学指标开展连续监测，及时识别面临压力与风险，研发生态预警指标和阈值，动态发布珊瑚礁白化和长棘海星生态灾害预警监测产品。
开展珊瑚礁生态价值评估，探索建立健全海洋生态产品价值实现机制。
避免“创可贴”式修复
优先选择具有较强表型可塑性的造礁珊瑚进行修复，从而实现对当前珊瑚礁生态系统的有效保护和长期恢复。
建立科学管理制度
制定合理的珊瑚礁保护法规和管理制度，确保保护工作的科学性和有效性。
加强国际合作，共享应对气候变化的策略和技术，共同采取适应性措施，保护珊瑚礁生态系统及其生物资源。
加大宣传力度
通过各种渠道和形式，提高公众对珊瑚礁保护的认识和重视程度，形成全社会共同保护珊瑚礁的良好氛围。
提倡可持续旅游
发展可持续的海洋旅游产业，减少对珊瑚礁生态系统的干扰和破坏，同时带动当地经济的发展。
建立合作平台
在海南建立珊瑚礁生物资源保护合作平台，推动与东南亚国家、科研单位、地方和非政府合作伙伴之间在珊瑚礁生物多样性保护方面的协调，共同构建高效、全面的海洋珊瑚礁生物多样性保护体系。
通过以上措施，可以全面、有效地保护珊瑚礁生态系统，确保其健康、稳定和可持续发展。
